L'indemnité compensatrice de congés payés non pris pour raisons de santé enfin reconnue par un texte réglementaire!

Par le décret n° 2025-564 du 21 juin 2025 relatif aux régimes dérogatoires de report et d'indemnisation des droits à congé annuel dans la fonction publique, le pouvoir réglementaire a enfin pris acte de la jurisprudence européenne concernant l'indemnité compensatrice de congés payés non pris pour raisons de santé en modifiant les décrets relatifs aux congés annuels des trois versants de la fonction publique.

Ainsi, pour la fonction publique d'Etat, le nouvel article 5-2 du décret n°84-972 du 26 octobre 1984 relatif aux congés annuels des fonctionnaires de l'Etat prévoit :

"Par dérogation aux dispositions du second alinéa de l'article 5, lorsque le fonctionnaire n'a pas été en mesure de prendre son congé annuel avant la fin de la relation de travail, les droits non-utilisés donnent lieu à une indemnité compensatrice.

A l'exclusion des droits non-consommés du fait d'un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales, cette indemnité ne compense que les droits non-utilisés relevant des quatre premières semaines de congé annuel par période de référence.

Les modalités de calcul de cette indemnité sont précisées par arrêté du ministre chargé de la fonction publique et du ministre chargé du budget."

Pour les fonctionnaires territoriaux, l'article 5-2 du Décret n°85-1250 du 26 novembre 1985 relatif aux congés annuels des fonctionnaires territoriaux prévoit :

" Par dérogation aux dispositions du second alinéa de l'article 5, lorsque le fonctionnaire n'a pas été en mesure de prendre son congé annuel avant la fin de la relation de travail, les droits non-utilisés donnent lieu à une indemnité compensatrice.

A l'exclusion des droits non-consommés du fait d'un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales, cette indemnité ne compense que les droits non-utilisés relevant des quatre premières semaines de congé annuel par période de référence.

Les modalités de calcul sont précisées par arrêté du ministre chargé de la fonction publique, du ministre chargé des collectivités territoriales et du ministre chargé du budget."

Et enfin, concernant la fonction publique hospitalière, l'article 4-2 du décret n°2002-8 du 4 janvier 2002 relatif aux congés annuels des agents des établissements mentionnés à l'article L. 5 du code général de la fonction publique énonce :

"Par dérogation aux dispositions du second alinéa de l'article 4, lorsque l‘agent n'a pas été en mesure de prendre son congé annuel avant la fin de la relation de travail, les droits non-utilisés donnent lieu à une indemnité compensatrice.

A l'exclusion des droits non-consommés du fait d'un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales, cette indemnité ne compense que les droits non-utilisés relevant des quatre premières semaines de congé annuel par période de référence.

Les modalités de calcul sont précisées par arrêté du ministre chargé de la fonction publique, du ministre chargé de la santé et du ministre chargé du budget."

Ces dispositions pourront être mises en avant par tout agent souhaitant bénéficier du versement de l'indemnité compensatrice de congés payés non pris pour raisons de santé lui étant due.

Il reste probable que, dans un premier temps au moins, un bon nombre d'employeurs publics se refusent à verser cette indemnité et le cabinet ne manquera pas de vous assister à ce propos.

La modification des décrets précités a également abouti à la reconnaissance du droit au report des congés non pris pour raison de santé pendant une période de quinze mois.

Nous rapellons d'ailleurs, en complément des éléments précités, qu'un taux d'IPP reconnu à un fonctionnaire à la suite d'un accident de service ou d'une maladie professionnelle ouvre droit à une indemnisation spécifique, distincte et complémentaire de l'ATI et la rente viagère d'invalidité :  https://www.charles-galy-avocat.fr/publications/un-taux-d39ipp-reconnu-agrave-un-fonctionnaire-agrave-la-suite-d39un-accident-de-service-peut-lui-ouvrir-droit-agrave-une-indemnisation