Nouvelles précisions sur le droit au report des congés annuels non pris par un fonctionnaire et sur leur indemnisation en fin de relation de travail

Pour rappel, un fonctionnaire ayant fait l'objet d'un placement en congé de maladie avant de quitter la fonction publique (du fait d'une mise à la retraite pour invalidité, d'une démission notamment) a droit à une indemnisation d'une partie de ses jours de congés non pris pour raisons de santé.

Cette indemnisation est encadrée par deux règles importantes :

- elle concerne par principe 20 jours de congés par année civile ;

- les jours de congés concernés sont reportés sur une période limitée de 15 mois.

Par une décision datée 16 juin 2026, le Conseil d'Etat a considéré :

"5. Il suit de là que le syndicat requérant est fondé à soutenir que les dispositions insérées dans le décret du 26 novembre 1985 relatif aux congés annuels des fonctionnaires territoriaux par l’article 4 du décret attaqué méconnaissent les objectifs de l’article 7 de la directive 2003/88/CE du 4 novembre 2003 en tant qu’elles ne subordonnent pas l’extinction des droits aux congés annuels non pris, ou du droit à leur indemnisation en fin de relation de travail, dans la limite de la période minimale de quatre semaines prévue par cette directive, à l’information de l’agent par son employeur portant, d’une part, sur le nombre de jours de congé dont il dispose au titre des années de service antérieures à la suite de leur report en raison d’un congé de maladie ou d’un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales, prévu par les articles L. 630-1 à L. 634-4 du code général de la fonction publique, et, d’autre part, sur la date jusqu’à laquelle ces jours de congés peuvent être pris. Elles sont, par suite, illégales dans cette mesure"

En d'autres termes, et bien que cela devra être confirmé une fois le texte modifié, cette décision imposera dorénavant à l'administration d'informer les agents quant à leurs droits à report de congés ou leurs droits à indemnisation en fin de relation de travail pour être recevable à leur opposer le délai d'extinction de ces mêmes droits.

Il est à noter que cette décision ne concerne en l'état que la fonction publique territoriale mais elle devrait pouvoir être transposée à la fonction publique hospitalière et à la fonction publique d'Etat.

Lorsque la situation médicale résulte d’un accident de service ou d’une maladie professionnelle, elle peut également ouvrir droit à une indemnisation du taux d’IPP, distincte de l’indemnisation des congés non pris et particulièrement conséquente.